Segundo historiadores é um das poucas colônias belgas existentes no Brasil.

Ilhota foi colonizada por imigrantes belgas por volta de 1841, diferente de outras cidades do Vale do Itajai, que foram colonizadas basicamente por Alemães, Italianos e açorianos. Sua colonização foi uma tentativa de empreendimento comercial, liderada por Charles Maximiliano Luiz Van Lede, pesquisador e engenheiro. Sob o patrocinio da Associação Comercial de Bruges, constituiu, a Compagne Belge-Brésiliense de colonization, que pretendia trazer colonos belgas e constituirem no Vale do Itajai para a exploração de jazidas de carvão mineral.

Em 21, de Junho de 1958 Ilhota deixa ser distrito de Itajaí e passa a ser Municipio conforme a Lei n°348. Ilhota ao longo dos anos vem construindo sua história através de seus moradores, e historiadores que estam se esforçando para resgatar o passado rico da cidade.

O município de Ilhota, foi arrasado em 2008, pela enchente que devastou a cidade, muitos morros desbarrancaram e posteriormente muitas pessoas ficaram soterradas, pelos últimos censos, ela teve um decréscimo na população, pois muitos habitantes acabaram se mudando para cidades próximas como Blumenau, Gaspar, por serem maiores e acabarem oferecendo maiores oportunidades de emprego, mas mesmo assim, a cidade é conhecida no estado, como capital das roupas íntimas, principalmente feminina, as lingeries, são inúmeras lojas ao longo da Rodovia SC-470 que liga Blumenau a BR-101. Inúmeros turistas param para comprar os produtos por preços bem acessíveis.